ChemAxon Academic License取得方法&インストール方法

今回はChemAxonのアカデミックライセンスの取得方法とライセンスのインストール方法について紹介します。 有償のため(アカデミックはフリー)、あまりChemAxonを使う人がいないのか、日本語で紹介した記事が見当たらないのでまとめておこうと思った感じです。 上述した通り、アカデミア所属の方は無償(条件あり)で使用できるので、興味がありましたら気軽に試してみてください。

ChemAxonについて

ケム・バイオインフォ向けの様々なツールを提供している企業。 基本的なユーザーはGUIアプリケーションを利用している(と思われる)が、API(Java, .NET)も提供しておりインフォマティシャンも利用しやすくなっている。 APIドキュメントは揃って入るものの、exampleが充実しているとはいえず、ドキュメントから使い方を察せる能力は必要だと思う。 基本的には有償のソフトウェア(アカデミックフリー)なので、OSSにはない痒いところに手の届く機能が多数あるなと感じる。

Academic Licenseの種類

ChemAxonのAcademic Licenseには以下の2種類があります。

  1. Academic Research License
  2. Academic Teaching License

研究用途で使用する場合は、1つ目の Academic Research License で申請してください。 本記事はResearch License で申請した場合の流れを記載しています。

Academic Licenseの取得方法

ここからChemAxonのアカウントを作成し、Academic Licenseの申請をします(数日で返事があると思います) 下記図の APPLY NOW から申請することができます。

また、申請時には簡単な使用目的を記載する必要があります。

Install方法(for Mac, Linux)

ライセンスのインストール

  1. インストール方法に関しては4つの方法が公式では挙げられていますが、私はAutomatic installで実施しています。 licenseファイルをダウンロードして、ファイル名を license.cxl とします。そして $HOME/.chemaxon 以下にlicenseファイルを配置すれば完了です。 (Pathとしては $HOME/.chemaxon/license.cxl となります。これ以外は認証されません)

(2020/07/13追記)

  1. どうやら最近ライセンスの配布方法が変わり、License Key が配布されるているようです。 その場合はlicenseファイルでインストールする方法は使えないので、.bash_profileCHEMAXON_LICENSE_SERVER_KEY という環境変数を設定してください。
    .bash_profile
    1
    export CHEMAXON_LICENSE_SERVER_KEY="YOUR LICENSE KEY"
    この環境変数を利用した方法は、version 19.26 以降から対応なので注意してください(参照)。

JChem Enginesのインストール

ChemAxonは様々なアプリケーションを提供していますが、とりあえずJChem Enginesをインストールしておけばそれらが大体一括でインストールされます。 このURLからインストールしたいplatformのインストーラーをダウンロードし、インストールをしてください。

PATHを通す

CLIやAPIを利用するためにはPATHを通しておくと楽です。インストール先によってPATHを通す場所は異なると思いますが、一例として私の設定を記載しておきます。

for Mac

1
2
export PATH="/Applications/ChemAxon/JChemSuite/bin:$PATH"
export CLASSPATH="/Applications/ChemAxon/JChemSuite/lib/jchem.jar:$CLASSPATH"

for Linux

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2
export PATH=$PATH:$HOME/opt/chemaxon/jchemsuite/bin
export CLASSPATH=$CLASSPATH:$HOME/opt/chemaxon/jchemsuite/lib/jchem.jar

インストールの確認

インストールされたJChemのバージョン確認

1
versioninfo

インストールされたライセンスの状態確認

1
license -l all | less

Academic Licenseで使用可能なChemAxon products

見づらいですが、とりあえず列挙しておきます。
Marvin Applets, Marvin Beans, Instant JChem, JChem Base, Standardizer, Screen, Reactor, JKlustor, Metabolizer, Markush Search, Protonation Plugin Group, Partitioning Plugin Group, Isomers Plugin Group, Markush Enumeration Plugin, Structure to Name Plugin, Name to Structure, JChem for Excel, Structure Search, IUPAC naming plugin, Web Services Server, Structure Checker, Predictor Plugin, MCES, 3D Screen, Molecular Descriptors, Instant JChem VIZ, ECFP/FCFP, Document to Structure, Structure to Name, NMR Predictor, JChem for Office, Markush Editor, Solubility Plugin, Structural Calculations

終わりに

簡易的ではありますが、ChemAxonのインストール方法についてまとめました。 全部は紹介しきれないので、普段私が使っているものについて今後まとめていこうと思います。 インストール方法が端折りすぎててわからない等ありましたら、連絡いただければ追記しようと思います。

参照

ChemAxon
ACADEMIC LICENSE CONDITIONS