RDKitの通常の方法で大環状分子を描画しようとすると、球体みたいに描画されてしまいかなり不格好なのが気になっている人は多いのではないかと思います。 本記事では大環状分子をきれいに描画する方法について解説をしようと思います。

分子の合成容易性を見積もる際には、一般的にSAscoreという指標を用いることが多いです。 RDKitではSAscoreを簡単に計算することが可能なので多くの方が利用しているかと思いますが、これを計算する際に認識しておくべき注意点に遭遇しました。 そこで本記事ではSAscoreを計算する際の注意点についてまとめようと思います。

RDKitで化合物を扱う際に、共鳴構造の列挙をする必要がでてくる時があるかと思います。 その方法を調べてみたところ、その方法について解説している記事がなかったため、この記事で簡単にまとめることにしました。

化合物情報を扱う際には一般的にRDKitがよく用いられており、そのユーザー数の多さから様々な記事がウェブ上で見つかります。 ChemAxonもマイナーではありますが研究で用いられているにも関わらず、そのAPIの使い方についてまとめているのは公式ドキュメントのみであまり情報としては充実していません。 そこでこれからいくつかの記事に分けて、ChemAxon API の基本的な使い方に関して解説していこうと思います。

RDKitを使っていると、扱っている分子を編集したい時がたまにあるかと思います。 RDKitにおける分子は通常Mol instance として扱われてますが、このままでは編集はできないため一度RWMol (read/write Mol) instance に変換してあげる必要があります。 そこで本記事では、RWMol instance での分子の編集についてまとめていこうと思います。

ケモインフォマティクスの研究をやろうとした際、恐らく初めに悩むのは勉強するための教材が少ないことだと思います。 ここ最近でいくつか書籍やオンラインチュートリアルなどが出てきてはいますが、それらの情報源に書学者が辿り着くにはなかなか厳しいかと思います。 そこでこの記事では、初学者がスムーズに勉強できるように分野界隈ではよく知られているであろう書籍・教材・ツール・ブログをまとめようと思います。

今回はChemAxonのアカデミックライセンスの取得方法とライセンスのインストール方法について紹介します。 有償のため（アカデミックはフリー）、あまりChemAxonを使う人がいないのか、日本語で紹介した記事が見当たらないのでまとめておこうと思った感じです。 上述した通り、アカデミア所属の方は無償（条件あり）で使用できるので、興味がありましたら気軽に試してみてください。

本記事では、RDKitを使って原子が色分けされていない単色の分子を描画する方法について記載します。 いろいろな記事で分子の描画方法については記載があったのですが、原子の色を調整する方法は載っていなかった&やり方にたどり着くまで試行錯誤が必要だったのでまとめることにしました。 処理としては1行で済むので簡単です。