ChemAxon API を用いて分子の読み込み・書き込みをする

化合物情報を扱う際には一般的にRDKitがよく用いられており、そのユーザー数の多さから様々な記事がウェブ上で見つかります。 ChemAxonもマイナーではありますが研究で用いられているにも関わらず、そのAPIの使い方についてまとめているのは公式ドキュメントのみであまり情報としては充実していません。 そこでこれからいくつかの記事に分けて、ChemAxon API の基本的な使い方に関して解説していこうと思います。

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【RDKit】RWMol で分子(Mol instance) を編集する

RDKitを使っていると、扱っている分子を編集したい時がたまにあるかと思います。 RDKitにおける分子は通常Mol instance として扱われてますが、このままでは編集はできないため一度RWMol (read/write Mol) instance に変換してあげる必要があります。 そこで本記事では、RWMol instance での分子の編集についてまとめていこうと思います。

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ケモインフォマティクス(Cheminformatics)を勉強する際に役立つ書籍・オンライン教材・ツール・ブログ紹介

ケモインフォマティクスの研究をやろうとした際、恐らく初めに悩むのは勉強するための教材が少ないことだと思います。 ここ最近でいくつか書籍やオンラインチュートリアルなどが出てきてはいますが、それらの情報源に書学者が辿り着くにはなかなか厳しいかと思います。 そこでこの記事では、初学者がスムーズに勉強できるように分野界隈ではよく知られているであろう書籍・教材・ツール・ブログをまとめようと思います。

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ChemAxon Academic License取得方法&インストール方法

今回はChemAxonのアカデミックライセンスの取得方法とライセンスのインストール方法について紹介します。 有償のため(アカデミックはフリー)、あまりChemAxonを使う人がいないのか、日本語で紹介した記事が見当たらないのでまとめておこうと思った感じです。 上述した通り、アカデミア所属の方は無償(条件あり)で使用できるので、興味がありましたら気軽に試してみてください。

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rdMolDraw2Dを用いて単色の分子を描画する

本記事では、RDKitを使って原子が色分けされていない単色の分子を描画する方法について記載します。 いろいろな記事で分子の描画方法については記載があったのですが、原子の色を調整する方法は載っていなかった&やり方にたどり着くまで試行錯誤が必要だったのでまとめることにしました。 処理としては1行で済むので簡単です。

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