ChemAxon API を用いて分子の読み込み・書き込みをする

化合物情報を扱う際には一般的にRDKitがよく用いられており、そのユーザー数の多さから様々な記事がウェブ上で見つかります。 ChemAxonもマイナーではありますが研究で用いられているにも関わらず、そのAPIの使い方についてまとめているのは公式ドキュメントのみであまり情報としては充実していません。 そこでこれからいくつかの記事に分けて、ChemAxon API の基本的な使い方に関して解説していこうと思います。

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【RDKit】RWMol で分子(Mol instance) を編集する

RDKitを使っていると、扱っている分子を編集したい時がたまにあるかと思います。 RDKitにおける分子は通常Mol instance として扱われてますが、このままでは編集はできないため一度RWMol (read/write Mol) instance に変換してあげる必要があります。 そこで本記事では、RWMol instance での分子の編集についてまとめていこうと思います。

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MatplotlibとNetworkXを使った探索木の可視化

探索アルゴリズムで何かしらの解を求めようとする際に、その探索過程を可視化することは探索アルゴリズムの理解に大きく貢献してくれます。 そこでMatplotlibとNetworkXを使って探索木の可視化をする方法を実装したので、備忘録の意味も込めてそれの紹介しようと思います。

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Matplotlibでラベルと軸を調整して論文用のグラフの見栄えを良くする方法

Matplotlibを使ってグラフを作成したことがある人は誰しもが感じてきたと思いますが、デフォルトの設定がイケてない状態です(ラベルの文字が小さく、文字と軸が近すぎてかなり見にくい)。 論文のFigureとしてそのまま使うのは流石に厳しいと思いますので、私のMatplotlibのグラフの調整方法についてまとめることにしました。

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非情報系の学生がゼロから機械学習系の研究をするために勉強した書籍紹介(プログラミング編)

今回は前回の記事の続きで、私がプログラミングの勉強に使った書籍の紹介です。 どの言語でも構いませんが、最初に一般的なプログラミングの概念や文法を理解できるような書籍を選ぶと良いです。 そうすれば他言語の勉強をするときがグッと楽になると思います(公式ドキュメントやネットの記事で理解できるようになる)。

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rdMolDraw2Dを用いて単色の分子を描画する

本記事では、RDKitを使って原子が色分けされていない単色の分子を描画する方法について記載します。 いろいろな記事で分子の描画方法については記載があったのですが、原子の色を調整する方法は載っていなかった&やり方にたどり着くまで試行錯誤が必要だったのでまとめることにしました。 処理としては1行で済むので簡単です。

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Python環境構築(pyenv + pyenv-virtualenv)

普段私はpyenv + pyenv-virtualenvの組み合わせでpythonの環境管理をしています。今回の記事ではその設定方法について記載していきます。 記事中のコードを手元で実行すれば簡単にpyenv・pyenv-virtualenvの環境が設定できます。

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