PyPIに自作のPythonパッケージをアップロードする際の備忘録です。

RDKitの通常の方法で大環状分子を描画しようとすると、球体みたいに描画されてしまいかなり不格好なのが気になっている人は多いのではないかと思います。
本記事では大環状分子をきれいに描画する方法について解説をしようと思います。

分子の合成容易性を見積もる際には、一般的にSAscoreという指標を用いることが多いです。
RDKitではSAscoreを簡単に計算することが可能なので多くの方が利用しているかと思いますが、これを計算する際に認識しておくべき注意点に遭遇しました。
そこで本記事ではSAscoreを計算する際の注意点についてまとめようと思います。

RDKitで化合物を扱う際に、共鳴構造の列挙をする必要がでてくる時があるかと思います。
その方法を調べてみたところ、その方法について解説している記事がなかったため、この記事で簡単にまとめることにしました。

RDKitを使っていると、扱っている分子を編集したい時がたまにあるかと思います。
RDKitにおける分子は通常Mol instance として扱われてますが、このままでは編集はできないため一度RWMol (read/write Mol) instance に変換してあげる必要があります。
そこで本記事では、RWMol instance での分子の編集についてまとめていこうと思います。

探索アルゴリズムで何かしらの解を求めようとする際に、その探索過程を可視化することは探索アルゴリズムの理解に大きく貢献してくれます。
そこでMatplotlibとNetworkXを使って探索木の可視化をする方法を実装したので、備忘録の意味も込めてそれの紹介しようと思います。

Matplotlibを使ってグラフを作成したことがある人は誰しもが感じてきたと思いますが、デフォルトの設定がイケてない状態です（ラベルの文字が小さく、文字と軸が近すぎてかなり見にくい）。
論文のFigureとしてそのまま使うのは流石に厳しいと思いますので、私のMatplotlibのグラフの調整方法についてまとめることにしました。

本記事では、RDKitを使って原子が色分けされていない単色の分子を描画する方法について記載します。
いろいろな記事で分子の描画方法については記載があったのですが、原子の色を調整する方法は載っていなかった&やり方にたどり着くまで試行錯誤が必要だったのでまとめることにしました。
処理としては1行で済むので簡単です。

ローカルPCではスペック不足のため、計算資源豊富なリモートサーバーでjupyter notebookを使いたいと思う人は結構いると思います。
この記事ではそのためのjupyter notebookの設定方法について記載します。

(2020/05/13 パスワードの設定を追記しました。)

普段私はpyenv + pyenv-virtualenvの組み合わせでpythonの環境管理をしています。今回の記事ではその設定方法について記載していきます。
記事中のコードを手元で実行すれば簡単にpyenv・pyenv-virtualenvの環境が設定できます。